Tüm hastalarda yan etki görülmez.
Ancak, kemoterapi ve radyoterapi genellikle hastanın kan sayımına etki eder. Alyuvar sayısı azalabilir, bu duruma anemi adı verilir. Alyuvar sayısını arttırmak için genellikle kan transfüzyonu (kan bağışı ile elde edilen kan hücrelerinin hastaya verilmesi) gerekir. Hastalarda genellikle trombosit sayısı da düşer. Hastanın trombosit sayısı çok düşükse kanamanın önlenmesi veya tedavisi için trombosit transfüzyonu gerekir. Akyuvar sayısındaki uzun süreli büyük azalmalar enfeksiyonlara yatkınlığı arttırır. Bu tür enfeksiyonlarda, akyuvar sayısı artıp enfeksiyon ortadan kalkana kadar antibiyotik tedavisi uygulanır. Enfeksiyon meydana gelen hastalarda öksürük, boğaz ağrısı, idrar yaparken ağrı ve ishal görülebileceği gibi; sadece ateş ve titreme de görülebilir. Bakteri, virüs ve mantar enfeksiyonu riskinin azaltılması için, hasta, ziyaretçi ve sağlık personelinin ellerini çok iyi yıkamaları gerekir. Ayrıca, hastanın santral yolunun temiz tutulması, diş ve diş eti bakımı ile ilgili önerilere harfiyen uyulması gerekir. Tedavi süresince sık sık tam kan sayımı yapılır. Alyuvar veya trombosit sayısı çok düşük ise transfüzyon yapılması gerekebilir. Akyuvar sayısının düşük olduğu bazı durumlarda bu sayıyı yükseltmek için büyüme faktörleri verilebilir. G-CSF (Filgastrim veya pegfilgrastim ) ve GM-CSF (sargramostim) akyuvar sayısını arttıran ilaçlardır. Hekim, nötropeni (nötrofil sayısının normalden düşük olması) ve toplam akyuvar sayısındaki nötrofil miktarı olan mutlak nötrofil sayısından (ANC) söz edebilir. Tedavinin diğer yan etkileri arasında ağızda yaralar, döküntü, ağız kuruluğu, ishal, bulantı, kabızlık, saç dökülmesi, kusma ve çeşitli besinlerin tadında değişiklik yer alır. Bulantı, kusma ve diğer yan tesirlerin önlenmesi veya tedavisinde ilaç veya başka tür tedaviler yararlı olabilir. Bazı AML hastalarında kemoterapi sonucunda kanda ürik asit miktarı artabilir. (Bazı hastalarda hastalığın kendisi de ürik asit üretimine neden olur.) Ürik asit düzeyinin yüksek olması böbrek taşı oluşumuna yol açabilir. Ürik asit düzeyi yüksek olan hastalara allopurinol adı verilen ilaç ağız yoluyla verilebilir. Ürik asit düzeyinin düşürülmesinde kullanılan bir diğer ilaç ise toplardamar yoluyla verilen rasburikaz'dır.